“十三五”期间，南京把创新驱动作为新时期的核心发展战略，建设具有全球影响力的创新名城，有力地支撑了全市高质量发展。从2017年二季度到2019年底，全市GDP增幅连续11个季度保持在8%左右;2020年全市GDP总量预计1.5万亿元，自改革开放以来首次进入全国城市前10。世界知识产权组织发布的2020年全球创新指数，南京综合排名跃升至第21位。国家创新型城市创新能力评价中，南京位列第四，初步走出了一条体现新时代要求、具有南京特点的创新之路。
“十四五”时期，南京将继续以创新为第一动力，与时俱进谋创新、持之以恒抓创新、全力以赴推创新，围绕创新久久为功，聚力再出发。
“十四五”末，南京将建成1~2个世界知名的创新型企业和世界级产业创新集群，高新技术企业总数达到2万家，高新技术产业产值占规模以上工业比重达54.5%，全社会研发经费支出占GDP比重达4%左右、全社会研发经费支出占GDP比重达4%左右，科技进步贡献率70%以上，八大产业链关键核心技术产品自主率达90%以上。为实现这一目标，南京将重点围绕三个方面攻坚突破。
建设综合性科学中心
为增强原始创新，提升创新能级，南京将主动融入国家战略科技布局，“十四五”创建综合性国家科学中心取得实质性成效。推动紫金山实验室开展重大任务攻关研究和集聚高端创新资源，建成国家实验室;扬子江生态文明创新中心建设专业产业技术研究院，建成国家技术创新中心;联合高校院所，加快紫金山科技城、中科院麒麟科技城高水平建设，打造紫东科创大走廊，塑造创新地标;瞄准综合交通、生命健康、人工智能、新材料等前沿领域，布局建设一批具有国际先进水平的国家重点实验室和科技基础设施;实施自主创新登峰行动，支持高校院所、新型研发机构和龙头企业组建创新联盟，制定产业链技术攻关清单，建立产业链关键核心技术攻关重点项目库并实施动态管理，开展关键核心技术攻关，形成一批重大原始创新成果。
建成科技产业创新中心
加大厚植产业优势，释放转化活力。继续以产业的思维抓创新，把科技作为产业来打造，把科技成果转化为一个个具体的增长点。
加大“两落地一融合”工作力度，做好新研机构的引导，加速新型研发机构向技术源头和产业应用“双向拓展”全面提升研发、转化、孵化效益，“十四五”期间重点培育40家世界一流水平新研机构。
壮大科技企业矩阵。完善科技企业全生命周期培育体系，加强“科创企业森林”培育，形成科技型中小企业、高新技术企业、瞪羚企业、独角兽企业雁阵梯队，增强企业成长的稳定性和生命力，引导企业提高经营效益，提升核心竞争力。
优化创新空间布局。围绕南京的“一核三极”，形成功能互补、协同并进的全域创新格局，推动构建多元科创空间体系。深化高新园区改革，健全“管委会+运营平台”机制，提高运营管理专业化、市场化水平，引导园区联动发展，力争“十四五”末，进入世界一流园区行列。推动城市硅巷、“121”创新社区建设发展，培育产业生态，增强创新孵化功能，打造主城高密度创新综合体和都市型活力中心。
提升产业链现代化水平。围绕“4+4+1”主导产业领域和八大产业链，做好战略引导，培育具有引领作用的新经济形态发展壮大，形成新的动能。
凸显一流创新生态体系
提升创新治理，集聚高端要素。用市场机制配置创新要素，持续提升创新治理，优化营商环境，形成最优创新生态。
激发人才创新活力。实施“紫金山英才计划”“紫金山宁聚计划”，构建高峰、先锋、宁聚、菁英人才计划体系，扩大各类人才规模，推动人才链与产业链、创新链深度融合，培植近悦远来的人才热土，“十四五”将集聚顶尖人才(团队)100个、新引进高层次创新创业人才3000名、培育创新型企业家1000名、累计引进创业就业海外留学人才8万名、青年大学生创业企业突破10万家。
推动开放合作创新。推进T20绿色智慧城市联盟和T20知识分享网络的建设，推动国际多边合作，巩固拓展“生根出访”计划，放大海外协同创新中心作用，务实推动与创新大国和关键小国的科创合作，打造国际合作示范基地。
优化创新营商环境。持续优化创新生态，以系统观念推进“放管服”改革，进一步落实优化营商环境政策两个100条，提升市场化、法治化、国际化水平，确保营商环境指数保持全省前列。深化知识产权保护，建立“一站式”维权体系和知识产权保护平台。完善“一核两翼多平台”知识产权运营服务体系，提升知识产权创造、保护、运用、管理和服务能力，提升知识产权服务产业创新的支撑力。
构建全面政策保障体系。围绕问题导向，以创新名城政策全面塑造创新驱动发展新优势，在重点领域和关键环节系统谋划、统筹安排，构建新发展格局，围绕新阶段高质量发展和双循环格局。
提升创新治理能力。持续突出党委对创新工作的领导，完善并固化创新体系顶层组织架构，统筹规划创新名城建设总体任务，系统优化提升创新治理能力。打造创新资源“强磁场”，吸引全球更多创新主体关注南京。
